La secundaria del E.E.A. pretende superar la estructura tradicional del nivel a partir del trabajo en equipo de su cuerpo docente, el seguimiento personalizado de los ritmos de aprendizaje y la ejecución de proyectos transversales en un clima de equilibrio, respeto, diálogo y libertad responsable.
El idioma inglés se trabaja por niveles y con un horario ampliado en todo el nivel.
En la Secundaria Básica (1° a 3°) se trabaja para afianzar las estrategias de aprendizaje imprescindibles para que el conocimiento sea significativo.
La Secundaria Superior tiene dos orientaciones: